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依據中國大陸衛生及計畫生育委員會3月31日發布訊息，其於3月30日確認3人感染H7N9禽流感病毒，其中2人死亡，1人病危，部分個案曾接觸禽類，而3人間未發現有流行病學關聯。疾病管制局已加強對中國大陸、香港及澳門之檢疫與監測作為，對發燒且10日內曾至中國大陸旅遊，並具有禽鳥接觸史者，會將其送往醫院檢查檢驗，至排除感染禽流感為止。疾管局並已發出醫界通函，提醒醫師對於不明原因嚴重肺炎病例、肺炎群聚、醫護人員感染不明原因肺炎等事件，應通報衛生機關，並加強醫院之感染管制措施。該局並提醒國人，前往中國大陸，應避免接觸禽鳥類，尤其切勿撿拾禽鳥屍體；食用雞、鴨、鵝（含蛋類）需注意完全熟食；並應落實洗手等個人衛生措施，以避免感染。返國時如出現發燒或類似流感症狀，應告知航空公司人員及機場港口之檢疫人員；返國後如出現上述症狀，應戴上口罩儘速就醫，並告訴醫師旅遊史，俾便醫師提供適切之醫療服務。
該3名感染H7N9禽流感病毒者，分別為上海市的87歲及27歲男性患者，分別於2月19日及2月27日發病，並於3月4日及3月10日死亡；另一人為安徽省滁州市35歲女性，3月15日發病，目前病危。中國大陸疾病預防控制中心於3月29日從病例的檢體中分離到H7N9禽流感病毒。3名病例均出現發燒、咳嗽等呼吸道感染症狀，進而出現嚴重肺炎和呼吸困難。3人間未發現有流行病學關聯。
依據農政單位監測資料顯示，台灣禽類H7禽流感病毒株主要為H7N3及H7N7，未曾檢出H7N9流感病毒。疾管局2012年10月起迄今已檢驗三千多件類流感病例之檢體，尚未檢出H7N9流感病毒；另同期對136件不明原因肺炎之檢體進行檢驗，其中3件檢出H3N2病毒，1件檢出H1N1病毒，未檢出有H7N9流感病毒。
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