台灣每人每年吃掉高達11公斤黃豆，但主婦聯盟指出，台灣從美國、巴西進口的230萬公噸黃豆，有九成都是基因改造，別的國家拿去榨油餵牲畜，只有台灣人會吃進肚子裡，其中有不少都流入小學營養午餐。
主婦聯盟統計，目前小學營養午餐一週大約有25道菜，三分之一是黃豆製成的豆干、豆腐、豆皮，團膳業者為了壓低成本，大多採用較次等的飼料豆。
主婦聯盟秘書長黃嘉琳表示，基改飼料豆和食品級的非基改豆價差大約三到八成，一塊豆腐成本大約2元，改用食品級黃豆只不過變成4塊錢，台北市每個學童的營養午餐預算是45元，應不致造成太大負擔，與其節省食材成本不如努力降低廚餘量，「在有限的預算中追求質好量精。」
許多國小即將進行兩年一度的校園午餐招標，主婦聯盟和民間團體呼籲家長寫信給學校，要求將食品級非基改黃豆納入招標契約，綠色陣線協會研究員林學淵也希望各縣市教育局能主動將食品級黃豆作為營養午餐評選項目 。
台灣廠商將黃豆分成三種，最高級的是有機非基改黃豆，第二級是食品級非基改黃豆，最次之是基改飼料豆，三者價差大約可到三倍，國內每年進口230萬噸黃豆約有一成會流入食品加工。
長期推動非基改農區的台大農藝系教授郭華仁表示，基改黃豆大多植入抗除草劑基因，怎麼噴藥都噴不死，農藥殘留量高，台灣為了進口，甚至把黃豆除草劑嘉磷塞的殘留量從0.1ppm提升到10ppm，但毛豆的殘留量只有0.2ppm，其他豆科植物更標示不得檢出，顯然是為基改豆開大門。
郭華仁指出，過多的除草劑可能會影響影響腸道好菌增生，降低身體解毒功能，國外也有實驗證明白老鼠吃了一年基改作物後細胞病變、長出腫瘤。
基改作物在世界各國評價兩極，美國雖是基改輸出大國，但至今尚未允許其國民主糧小麥進行基改，歐洲更有70%的民眾拒吃基改食品，2010年美國維基解密卻顯示：「台灣對於生物技術比較友善，對於標示基改食品照買不誤」，郭華仁指出，美國看好亞州市場，已有計劃推出食用級基改黃豆，「但吃的東西就不應該是基改啊！」他呼籲政府加強產品標示，儘速公開基改作物的進口資訊。
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